Μεταξύ των μυστηρίων που απέκτησαν πανελλήνια φήμη ήταν και εκείνα των Kαβείρων της Σαμοθράκης. Οι Κάβειροι λατρεύονταν επίσης στη Λήμνο και τη Θήβα και έχει διατυπωθεί η υπόθεση ότι αντιπροσώπευαν τις συντεχνίες σιδηρουργών. Από όσα γνωρίζουμε διαφαίνεται ένα μη ελληνικό στοιχείο στη λατρεία αυτή, στο οποίο αποδίδεται σημιτική ή χεττιτική προέλευση από τους ειδικούς. Οι λημναίοι Κάβειροι σχετίζονταν βεβαίως με τη λατρεία του Ηφαίστου και το τυρρηνικό (ετρουσκικό;) παρελθόν του νησιού. Στη Θήβα πάλι λατρευόταν ο Κάβειρος και ο Παις. Τόσο στη Θήβα όσο και στη Σαμοθράκη υπήρχε ένας μικρός "θεατρικός" χώρος για τα δρώμενα ή τις παρουσιάσεις του ιεροφάντη. Μέρος της τελετουργίας πρέπει να ήταν και η οινοποσία με χαρακτηριστικά αγγεία, τους καβειρικούς σκύφους, τα οποία αμέσως μετά θρυμματίζονταν.

Το ιερό της Σαμοθράκης προϋπήρχε της Αρχαϊκής περιόδου, αλλά το πρόγραμμα ανοικοδόμησής του συνδέεται με τον ελληνικό εποικισμό στη διάρκεια του 7ου αιώνα π.Χ. Στην Κλασική περίοδο τα μυστήρια της Σαμοθράκης ήταν γνωστά στην Αθήνα και φαίνεται πως ο Ηρόδοτος είχε μυηθεί σε αυτά. Το ιερό έφτασε ωστόσο στο απόγειό του κατά την Ελληνιστική περίοδο και οι ανασκαφές έχουν τεκμηριώσει αυτήν κυρίως την οικοδομική φάση. Οι θεοί που λατρεύονταν δεν κατονομάζονταν ποτέ, αλλά αναφέρονταν μόνο ως Μεγάλοι Θεοί. Τέλος ο Δάρδανος της Τροίας, ο Κάδμος της Θήβας και η γυναίκα του Αρμονία σχετίζονταν με τα μυστήρια της Σαμοθράκης, γεγονός που οδηγεί στη σύνδεσή τους με μυκηναϊκά και μικρασιατικά στοιχεία. Αντιλήψεις περί κοσμογονίας και σχέσεις ερωτισμού και θανάτου βρίσκονταν στον πυρήνα των μυστηρίων. Από πρακτικής απόψεως υπήρχε η αντίληψη ότι τα μυστήρια παρείχαν στους μυημένους προστασία από τους κινδύνους της θάλασσας και εξασφάλιζαν επιτυχημένα ταξίδια.