Πίσω από τα ονόματα του Ορφέα και του Πυθαγόρα κρύβεται η ριζικότερη μεταβολή της ελληνικής θρησκείας. Στον πρώτο που ήταν μυθικός αοιδός και η δράση του τοποθετείται πριν τον Τρωικό πόλεμο, και στο δεύτερο που ήταν φιλόσοφος των ιστορικών χρόνων αποδίδονται στοχασμοί και απόψεις που συστηματοποιήθηκαν τουλάχιστον από τον 5ο αιώνα π.Χ. Στον Ορφέα ειδικά αποδιδόταν και μία κοσμογονική και θεογονική διδασκαλία, σχετική με την αθανασία της ψυχής και τη μετεμψύχωση. Αρκετά από τα έργα που του αποδίδονταν είχαν συνταχτεί μάλλον κατά τον 6ο αιώνα π.Χ., από τον Ονομάκριτο και τον Πυθαγόρα. Με αυτά τα έργα οι Ορφικοί πρόβαλλαν αξιώσεις στο ιερό της Ελευσίνας και συνέδεαν τις απόψεις τους με τα βακχικά μυστήρια και με εκείνα των Λαβυαδών και των Καβείρων. Στα κλασικά χρόνια είναι βεβαιωμένη η δράση Ορφεοτελεστών, οι οποίοι επιτύγχαναν με τη βοήθεια του Διονύσου την απαλλαγή του ανθρώπου από το παρελθόν του και την αναγέννησή του. Μέρος της άρρητης διδασκαλίας πρέπει να ήταν και η λατρεία ενός διαμελιζόμενου, χθόνιου Διονύσου, συνοδευόμενη από την πίστη στη μεταθανάτια ζωή. Έχει υποστηριχτεί πειστικά ότι οι αντιλήψεις αυτές προήλθαν από τη λατρεία του Όσιρι στην Αίγυπτο, με την οποία ο ελληνικός κόσμος εξοικειώθηκε ιδιαίτερα μετά τα μέσα του 7ου αιώνα π.Χ.

Ο Πυθαγόρας γεννήθηκε στη Σάμο και έδρασε κυρίως στον Κρότωνα και το Μεταπόντιο στο β' μισό του 6ου αιώνα π.Χ. Οι οπαδοί του ονομάζονταν Πυθαγόρειοι και ασκούσαν σημαντική επιρροή σε πόλεις της Μεγάλης Ελλάδας, μέχρι και τον 4ο αιώνα π.Χ. Ο ίωνας φιλόσοφος -που φέρεται και ως ιεροφάντης σε ανατολική λατρεία της Μεγάλης Μητέρας- είχε κατορθώσει να συγκεράσει στοιχεία βαβυλωνιακών μαθηματικών, περσικής θρησκείας και ίσως ακόμη και ινδικών απόψεων για τη μετεμψύχωση. Η διδασκαλία του Πυθαγόρα περιελάμβανε στοιχεία ανάλογα με τις ορφικές αντιλήψεις για την αθανασία της ψυχής και την ύπαρξη ενός "άλλου κόσμου", ενώ παράλληλα προέτρεπε σε ζωή ασκητική, βασισμένη σε αυστηρούς κανόνες. Η καινούργια αντίληψη για την ψυχή, η οποία δεν έμοιαζε σε τίποτα με εκείνη που γνωρίζουμε από τον Όμηρο, έμελλε να επηρεάσει καθοριστικά τα ελληνιστικά φιλοσοφικά ρεύματα και να προλειάνει το δρόμο για τις χριστιανικές δοξασίες.