Δύο από τους σημαντικότερους και μεγαλύτερους αρχαϊκούς ναούς ήταν ο ναός της Άρτεμης στην Έφεσο και ο ναός της Ήρας στη Σάμο. Ο ναός της Eφέσου, που αναφερόταν και ως ένα από τα επτά θαύματα του αρχαίου κόσμου, χτίστηκε γύρω στο 560 π.Χ., κάηκε από τον Ηρόστρατο το 356 π.Χ. και ανοικοδομήθηκε την εποχή του Μεγάλου Αλεξάνδρου από τον αρχιτέκτονα Δεινοκράτη. Στην ανέγερση του αρχαϊκού ναού συνέβαλε αποφασιστικά ο βασιλιάς Κροίσος της Λυδίας, ο οποίος χρηματοδότησε την κατασκευή των περισσοτέρων κιόνων του. Τόσο το Αρτεμίσιο όσο και το Ηραίο ήταν οι πρώτοι πραγματικά μεγάλοι ναοί με διπλό πτερό. Λέγεται ότι και στους δύο δούλεψε ο σάμιος αρχιτέκτων Θεόδωρος. Στο μεν Ηραίο σε συνεργασία με τον επίσης σάμιο Ροίκο, στο δε Αρτεμίσιο με τον κρητικό Χερσίφρωνα. Πυρκαγιά κατέστρεψε και το Ηραίο, περίπου 30 χρόνια μετά την οικοδόμησή του.

Μεγάλο μέρος από το οικοδομικό υλικό και των δύο κτισμάτων χρησιμοποιήθηκε στην ανέγερση κατοπινών ναών στην ίδια θέση, με αποτέλεσμα να μη γνωρίζουμε πολλές λεπτομέρειες για το σχεδιασμό και τα διακοσμητικά στοιχεία των αρχικών ναών. Φαίνεται όμως ότι και οι δύο είχαν 8 ή 9 κίονες στις στενές πλευρές τους και 21 στις μακριές. Το συνολικό μήκος του Aρτεμισίου πρέπει να ξεπερνούσε τα 100 μέτρα. Το μετακιόνιο διάστημα των κεντρικών κιόνων της πρόσοψης έφτανε και στους δύο ναούς τα 8 περίπου μέτρα, αλλά μειωνόταν σταδιακά ανάμεσα στους κίονες των άκρων. Το νεότερο Ηραίο, που χτίστηκε στη θέση του παλιού μετά το 530 π.Χ., ήταν ο μεγαλύτερος ναός του αρχαίου ελληνικού κόσμου με περίπου 110 μέτρα μήκος και 50 μέτρα πλάτος. Ο πρόναος και ο σηκός χωρίζονταν με δύο κιονοστοιχίες σε τρία κλίτη. Το αρχιτεκτονικό του σχέδιο, που έμοιαζε σε εκείνο του παλαιότερου ναού, είχε διπλό πτερό και 24 κίονες στις μακριές πλευρές, 8 στην πρόσοψη και 9 στην πίσω πλευρά.

Ο τρίτος μεγάλος ναός της αρχαϊκής Iωνίας, ο ναός του Απόλλωνα στα Δίδυμα, κατασκευάστηκε μεταξύ του 540 και 520 π.Χ. και καταστράφηκε από τους Πέρσες το 494 π.Χ. Σύμφωνα με το αποκατεστημένο πλάνο του ήταν δίπτερος με 21Χ8 κίονες. Είχε ανάγλυφες μορφές στη βάση των κιόνων και ολόγλυφες σφίγγες στις τέσσερις γωνίες του επιστυλίου. Το εσωτερικό του ήταν αστέγαστο και περιέκλειε ένα δεύτερο ιερό που είχε τη μορφή μικρού πρόστυλου εν παραστάσι ναού. Το σύνολο ανακατασκευάστηκε με πολλές προσθήκες στα ελληνιστικά χρόνια. Ένα από τα παλαιότερα δείγματα του ιωνικού ρυθμού στις Kυκλάδες αποτελεί ο εκατόμπεδος στα Ύρια της Νάξου, που κατασκευάστηκε γύρω στα 580 με 570 π.Χ., ήταν πρόστυλος τετράστυλος και είχε ένα άδυτο για την τέλεση της μυστηριακής λατρείας. Από κάποιους άλλους ναούς της Νάξου και της Πάρου σώζονται τα μαρμάρινα περίθυρα με ύψος έως και 6 μέτρα.